Applied Ecology and Environmental Research publica trabalhos de pesquisa originais e artigos de revisão. O foco está em tópicos como: biodiversidade e pesquisa ecossistêmica; comunidade e ecologia global; biologia evolutiva e populacional; avaliação do impacto das alterações climáticas; ecologia da paisagem e biologia da conservação; investigação agro-ecológica e ambiental multidisciplinar; biometria ou biomathemética em ciência ambiental; agricultura ecológica e sustentável; gestão de recursos naturais; acompanhamento ecológico e modelagem; estatística e modelagem em epidemiologia.